總有機碳分析儀的工作過程：

作為載氣用的空氣由泵抽入，經過濾器過濾，用調壓閥控制壓力，進入位于高溫爐（溫度控制在８００－９００）中的凈化管，在此，空氣中的有機物燃燒，變成了水和二氧化碳，再經裝有堿石灰（用生石灰同氫氧化鈉溶液作用后，在２００－２５０℃下干燥而成）的吸附筒，水和二氧化碳被吸收掉，得到的將是十分純凈和干燥的空氣。

然后把這種空氣分為兩路，一路進入紅外線氣體分析器的參比室，作為不含有二氧化碳的零點氣體，即參比氣體，再進入低溫爐（約１５０　℃），它又作為無機碳燃燒用的助燃氣和載氣，在此燃燒結果生成二氧化碳和水，經脫水器除去水分，二氧化碳由切換閥進入紅外線氣體分析器的測量室，測定濃度

另一路進入位于高溫爐中的石英制燃燒管二氧化碳由切換閥進入位于高溫爐中的石英制燃燒管，其內填充有催化劑（Ｃｒ２Ｏ３），在此，被測廢水中的總Ｃ和變成二氧化碳和水，經脫水器除去水分后，產物由切換閥導入紅外線氣體分析器的測量室，測定生成的二氧化碳濃度。